O programa conta com recursos financeiros da PUC-Rio, CAPES, CNPq, FAPERJ e de empresas com contratos de pesquisa e desenvolvimento.
Os candidatos aprovados para cursar a pós-graduação acadêmica em tempo integral podem receber bolsa de estudo da CAPES, CNPq, FAPERJ e outros órgãos de fomento à pesquisa, uma remuneração mensal (com duração de 24 meses para o mestrado e 48 meses para o doutorado), e isenção total de pagamento de mensalidades escolares. Os candidatos aprovados em tempo parcial podem receber, da própria PUC-Rio ou da CAPES, isenção parcial de pagamento de mensalidades escolares proporcional à dedicação ao curso. Professores de outras instituições (em tempo integral) e funcionários públicos federais e estaduais do Rio de Janeiro não pagam mensalidades escolares.
A concessão de bolsa e isenção de pagamento de taxas escolares é válida por um período letivo e poderá ser renovada ou não dependendo do desempenho acadêmico do aluno. Candidatos de outros países da América podem solicitar bolsas PEC/PG concedidas pela CAPES e CNPQ através dos órgãos consulares. Os candidatos devem procurar informações no consulado brasileiro em seu país, com antecedência de mais de um ano em relação à data prevista para sua primeira matrícula.